Deif bertanggung jawab atas panitia teknis selama kegiatan organisasi Universitas Islam. Israel menangkapnya pada tahun 1989, dan dia menghabiskan 16 bulan penjara tanpa diadili atas tuduhan bekerja di aparat militer gerakan tersebut.
Setelah dibebaskan, Deif dan tokoh lainnya mulai mendirikan Brigade al-Qassam. Selama tahun 1990-an, dia mengawasi dan berpartisipasi dalam banyak operasi melawan Israel. Otoritas Palestina menangkapnya pada Mei 2000 atas permintaan Israel. Dia memiliki hubungan yang baik dengan Otoritas Palestina, dan penangkapannya adalah bagian dari pemahaman.
Pada tahun 2002, dia mengambil alih komando al-Qassam setelah pembunuhan panglima tertingginya, Salah Shehadeh. Pada tahun 2001, Israel pertama kali mencoba membunuh Deif.
Upaya kedua dilakukan setahun kemudian ketika helikopter Apache menembakkan dua rudal ke kendaraannya, melukai dia. Pemimpin Hamas dan dokter Abdel Aziz al-Rantisi merawatnya di lokasi yang dirahasiakan.
Pada tahun 2003, sebuah pesawat Israel berusaha membunuh Deif dan beberapa pemimpin Hamas di sebuah rumah di Gaza. Tapi misilnya menghantam lantai yang salah. Tiga tahun kemudian, sebuah rudal berdaya ledak tinggi menghantam sebuah rumah tempat dia bertemu dengan para pemimpin Al-Qassam.
Sekali lagi, Deif selamat, namun Israel mengatakan dia terluka parah. Pejabat Israel yakin Deif tidak bisa berjalan dan kehilangan salah satu matanya.
Namun Hamas belum membenarkan atau membantah klaim tersebut. Nasib baiknya yang selalu lolos dari pembunuhan militer Israel, membuat dirinya dijuluki media-media lokal sebagai komandan bernyawa sembilan.
Deif mengirimkan dua rekaman dalam beberapa tahun terakhir, menggunakan gambar siluet gelap. Bertahun-tahun kemudian, dia muncul dengan bertopeng sambil berdiri.
