Tarekat ini telah menyebar di nusantara dan harus menjadi perhatian pihak kolonial. Adalah salah seorang seorang ilmuan, guru fisika, Kadirun Yahya yang tertarik dengan tarekat ini, bergabung dan menjadi pimpinan dari tarekat ini dan berhasil mengembangkan dan membesarkan tarekat Naqsyabandiyah Khalidiyah. Di tangannya tarekat Naqsyabandiyah tampil berbeda dari umumnya tarekat. Ciri khas tarekat ini terletak pada nuansa keilmiahannya.
Dia berusaha menjelaskan tarekatnya melalui teori eksakta, meskipun ia mengakui bahwa tidak mudah bagi semua orang untuk memahami persoalan metafisika lewat penjelasan ilmu eksakta, kecuali oleh mereka yang memahami agama sekaligus sains dan teknologi.
