Kondisi ini kemudian berubah setelah kekuasaan Orde Lama dan Soekarno jatuh.
Era Soeharto
Pasca-peristiwa 1965, Presiden kedua RI Soeharto yang mengepalai Komando Operasi Pemulihan Keamanan dan Ketertiban (Kopkamtib) membentuk Satuan Tugas Intelijen (STI) di seluruh Komando Daerah Militer (Kodam).
Pada tanggal 22 Agustus 1966, Soeharto mendirikan Komando Intelijen Negara (KIN) yang dipimpin oleh Brigjen Yoga Sugomo sebagai kepala.
Kepala Komando Intelijen Negara (KIN) pun bertanggung jawab langsung kepada Soeharto.
Sebagai lembaga Intelijen strategis, maka BPI dilebur ke dalam KIN yang juga memiliki operasi khusus (opsus) di bawah Letkol Ali Moertopo dengan asisten Leonardus Benyamin Moerdani dan Aloysius Sugiyanto.
Kurang dari setahun, 22 Mei 1967, Soeharto mengeluarkan Keputusan Presiden (Keppres) untuk mendesain KIN menjadi Badan Koordinasi Intelijen Negara (Bakin).
Mayjen Soedirgo menjadi Kepala Bakin pertama. Pada masa Mayjen Sutopo Juwono, Bakin memiliki Deputi II di bawah Kolonel Nicklany Soedardjo, perwira Polisi Militer (Pom) lulusan Fort Gordon, AS.
Sebenarnya di awal 1965 Nicklany sudah membentuk unit intel PM, yaitu Detasemen Pelaksana Intelijen (Den Pintel) Pom. Secara resmi, Den Pintel Pom menjadi Satuan Khusus Intelijen (Satsus Intel), lalu tahun 1976 menjadi Satuan Pelaksana (Satlak) Bakin dan pada era 1980-an kelak menjadi Unit Pelaksana (UP) 01.
Mulai tahun 1970, terjadi reorganisasi Bakin dengan tambahan Deputi III Pos Opsus di bawah Brigjen Ali Moertopo.
Sebagai inner circle Soeharto, Opsus dipandang paling prestisius di Bakin, mulai dari urusan domestik Penentuan Pendapat Rakyat (Pepera) Irian Barat, kelahiran Golongan Karya (Golkar), hingga masalah Indocina. Tahun 1983, sebagai Wakil Kepala Bakin, LB Moerdani memperluas kegiatan intelijen menjadi Badan Intelijen Strategis (Bais).
Selanjutnya, Bakin tinggal menjadi sebuah direktorat kontrasubversi dari Orde Baru. Setelah mencopot LB Moerdani sebagai Menteri Pertahanan dan Keamanan (Menhankam), Soeharto mengurangi mandat Bais dan mengganti namanya menjadi Badan Intelijen ABRI (BIA) pada tahun 1993.
Tahun 2000, Presiden Abdurrahman Wahid atau Gus Dur mengubah Bakin menjadi BIN sampai sekarang
